L'établissement public des Terres de l'Yonne est situé au nord de la région Bourgogne, dans le département de l'Yonne. Il possède 3 sites :
- Le site d'Auxerre-La Brosse, près de la sortie de l'autoroute Auxerre Sud.
- Le site de Champs-sur-Yonne à 10kms au sud d'Auxerre.
- Le site de Champignelles en Puisaye à 50kms à l'ouest d'Auxerre.